Το Εβραϊκό Μουσείο Θεσσαλονίκης ιδρύθηκε για να τιμήσει την πλούσια και δημιουργική Σεφαραδίτικη κληρονομιά του πολιτισμού που αναπτύχθηκε στην πόλη αυτή μετά τον 15ο αιώνα. Μετά την φοβερή εκδίωξή τους από την Ισπανία από τους βασιλείς Φερδινάνδο και Ισαβέλλα το 1492, χιλιάδες Εβραίοι βρήκαν ασφαλές καταφύγιο στην πόλη, φέρνοντας μαζί τους τη γνώση του πολιτισμού της Αναγέννησης και των γλωσσών της Δυτικής Μεσογείου. Ειδικότητες, όπως η τυπογραφία, η χαρτογραφία, οι ιατρικές επιστήμες και η γνώση των σύγχρονων όπλων, προσέδωσαν στους Εβραίους από την Ιβηρική Χερσόνησο ιδιαίτερη αξία για τους Οθωμανούς. Ραββινικές διδασκαλίες και σχόλια συνόδευαν τους μετανάστες, μεταξύ των οποίων ήταν και τα κυριότερα καββαλιστικά συγγράμματα που βασίζονται στη παράδοση των μυστικιστών Εβραίων της Χερόνα.

Πολύ γρήγορα, η Σεφαραδίτικη δημιουργικότητα στην Θεσσαλονίκη έφθασε στην ακμή της τον 16ο αιώνα. Η πόλη προσέφερε ένα κλίμα ανεκτικότητας και οικονομικής σταθερότητας και δεν ήταν τυχαίο ότι δόθηκε στη Θεσσαλονίκη η ονομασία «Μάδρε ντε Ισραέλ», Μητέρα του Ισραήλ.

Η δημιουργική ώθηση των πρώτων Σεφαραδιτών μεταναστών είχε σαν αποτέλεσμα τη σταδιακή ίδρυση τριάντα δύο κοινοτήτων, η κάθε μια με τη δική της συναγωγή, παράδοση και ιδιαίτερα έθιμα, οι οποίες έφεραν την ονομασία του τόπου προέλευσης στην Ισπανία, Πορτογαλία και Ιταλία. Στις σχολές που συνδέονταν με τις συναγωγές αυτές, ραβίνοι και μυστικιστές συνέχιζαν να διδάσκουν τη μεγάλη παράδοση του Εβραϊσμού της Ιβηρικής χερσονήσου. Με το πέρασμα των αιώνων, το μικρό εβραϊκό νεκροταφείο της πόλης επεκτάθηκε για να στεγάσει τον αυξανόμενο αριθμό των νεκρών. Το 1940 υπήρχαν πάνω από 500.000 τάφοι.

Κατά τον 19ο και στις αρχές του 20ου αιώνα, οι συνθήκες που είχαν συμβάλει στην ακμή της Εβραϊκής κοινότητας ανατράπηκαν λόγω πολέμων, εξεγέρσεων καθώς και των νέων δυνατοτήτων που προσφέρονταν στην Ευρώπη, την Ασία και την Αμερική για τους πιο εφευρετικούς και καινοτόμους Εβραίους. Την ίδια εποχή, παρουσιάστηκε μία νέα πρόκληση μετά την προσάρτηση της Θεσσαλονίκης στο Ελληνικό κράτος το 1912, στην προσπάθεια να προσαρμοστεί ο εβραϊκός τρόπος ζωής στις απαιτήσεις του σύγχρονου εθνισμού. Η μεγάλη πυρκαγιά του 1917 που κατέστρεψε το μεγαλύτερο μέρος της κεντρικής εβραϊκής συνοικίας της πόλης επιδείνωσε τις νέες συνθήκες.

Το 1941, η Θεσσαλονίκη, υπό Ναζιστική κατοχή, με την κοινότητα των 49.000 Εβραίων, δεν ήταν προετοιμασμένη να αντιμετωπίσει την φρίκη της «Τελικής Λύσης». Προς το τέλος του 1944 δεν απέμεναν παρά λιγοστοί Εβραίοι. Το 96,5% της Εβραϊκής Κοινότητας της πόλης εξοντώθηκε στα στρατόπεδα του θανάτου στην Πολωνία.

Το Μουσείο στεγάζεται σε ένα από τα σπάνια κτίρια εβραϊκής ιδιοκτησίας που σώθηκαν από την πυρκαγιά του 1917. Το επιβλητικό αυτό κτίριο στο κέντρο της Θεσσαλονίκης που στέγασε κατά καιρούς την Τράπεζα Αθηνών και τα γραφεία της εβραϊκής εφημερίδας "L' Independent", είναι σιωπηλός μάρτυρας της Εβραϊκής παρουσίας που κάποτε γέμιζε τους δρόμους της πόλης με τη γλώσσα του Θερβάντες και τις ευωδιές της κουζίνας της Σεβίλλης και του Τολέδου, σιωπηλή από την Παρασκευή έως το Σάββατο, στην διάρκεια του Σαμπάτ.

Το Εβραϊκό Μουσείο Θεσσαλονίκης δημιουργήθηκε μέσα από το πλέγμα αυτών των ιστορικών συνθηκών. Είναι μια από τις δημιουργικές πρωτοβουλίες της Ισραηλιτικής Κοινότητας της Θεσσαλονίκης και αναπτύχθηκε με την συνδρομή του Οργανισμού Πολιτιστικής Πρωτεύουσας της Ευρώπης «Θεσσαλονίκη 1997» που αναπαλαίωσε το κτίριο.

Στο Μουσείο στεγάζονται αντικείμενα από τις μόνιμες συλλογές, φωτογραφικές εκθέσεις, καθώς και η φωτογραφική έκθεση Σάϊμον Μάρκς, «Θεσσαλονίκη, Μητρόπολη του Σεφαραδισμού».

Στο Μουσείο λειτουργεί κέντρο ερευνών και μελέτης, το οποίο ερευνά και ψηφιοποιεί αρχειακό υλικό του Μουσείου αλλά και άλλων φορέων, δημιουργόντας μια ηλεκτρονική βάση δεδομένων προσβάσιμη στους επισκέπτες.

Στο ισόγειο βρίσκονται ταφόπλακες και επιτύμβιες στήλες από τη μεγάλη εβραϊκή νεκρόπολη που εκτείνονταν ανατολικά από τα τείχη της πόλης. Η σειρά φωτογραφιών που συνοδεύει της πλάκες απεικονίζει το νεκροταφείο και τους επισκέπτες του, όπως ήταν γύρω στο 1914.

Στο κεντρικό σημείο του πρώτου ορόφου εκτίθεται η ιστορία της εβραϊκής παρουσίας στη Θεσσαλονίκη από τον 3ο αιώνα π.κ.π. μέχρι το Δεύτερο Παγκόσμιο Πόλεμο. Η έκθεση σχεδιάστηκε στο κιμπούτς Μπέιτ Λοχαμέι α Γκεταότ του Ισραήλ και χρηματοδοτήθηκε από το Ίδρυμα «Michael Marks Charitable Trust».

Οι εκθεσιακοί χώροι του πρώτου ορόφου παρέχουν στον επισκέπτη μία συνολική εικόνα της θρησκευτικής και καθημερινής ζωής των Εβραίων της πόλης.

Ένας ειδικός εκθεσιακός χώρος αναφέρεται στη γενοκτονία όπως αυτή επηρέασε την Ισραηλιτική Κοινότητα Θεσσαλονίκης στο σύνολο της. Περίπου 49.000 μέλη της ιστορικής αυτής κοινότητας εκτοπίστηκαν στα στρατόπεδα ¶ουσβιτς και Μπέργκεν Μπέλσεν όπου και εξοντώθηκαν.

Η βιβλιοθήκη φιλοξενεί σημαντικά κείμενα που έχουν τυπωθεί στη Θεσσαλονίκη κατά τον 16ο έως τον 20ο αιώνα, τα οποία καλύπτουν πτυχές της εβραϊκής ζωής-θρησκευτικής και κοσμικής. Πρόσθετα, η βιβλιοθήκη αποτελεί κέντρο τεκμηρίωσης για την ιστορία, τα έθιμα και τη γλώσσα των Σεφαραδιτών Εβραίων.

Στο οπτικοακουστικό κέντρο, οι επισκέπτες μπορούν να παρακολουθήσουν βίντεο και ταινίες με θέματα της εβραϊκής ιστορίας και ιδιαίτερα για το ολοκαύτωμα.

Tο Mουσείο προσφέρει οργανωμένες μουσειοπαιδαγωγικές δραστηριότητες.