Αξιοσημείωτο είναι το γεγονός ότι απόδημοι Θεσσαλονικείς Εβραίοι από ολόκληρο τον κόσμο ή επισκέπτες του μουσείου δωρίζουν αντικείμενα, οικογενειακά κειμήλια, αλληλογραφία, έγγραφα των προγόνων τους κλπ., με την πεποίθηση ότι αυτά αποκτούν στο Μουσείο τη σωστή θέση.
Από το 2005 το Μουσείο συγκέντρωσε μέσα από ειδικό τετραετές ερευνητικό πρόγραμμα μεγάλο αριθμό εγγράφων και άλλων τεκμηρίων σχετικών προς τις εβραϊκές επιχειρήσεις της Θεσσαλονίκης. Χάρη στη βοήθεια έμπειρων συλλεκτών, όπως ο κ. Γιάννης Μέγας, το Εβραϊκό Μουσείο Θεσσαλονίκης διαθέτει σήμερα τη σημαντικότερη συλλογή επιχειρηματικών τεκμηρίων από τη Θεσσαλονίκη, στην οποία άλλωστε μέχρι το 1940 οι εβραϊκής ιδιοκτησίας επιχειρήσεις είχαν κυρίαρχη θέση.
Όλα τα παραπάνω αποκτήματα έχουν ενταχθεί σε ηλεκτρονικές βάσεις δεδομένων, για τη διευκόλυνση των ερευνητών. Τέλος, το Μουσείο διαθέτει ψηφιοποιημένα αντίγραφα εβραϊκών εφημερίδων, καθώς και των δοσιλογικών εφημερίδων της γερμανικής κατοχής.